Sabtu, 21 Oktober 2013 bertempat di Aula SMK Muhammadiyah Pekalongan dengan disaksikan oleh semua guru dan karyawan serta tamu undangan dari Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Tengah dan PDM Kota pekalongan melantik Drs. HM Ghozali sebagai Kepala Sekolah baru SMK Muhammadiyah Pekalongan periode 2013-2017 menggantikan Drs. Indrato, M.Si. Dengan mengucapkan janji dalam pengangkatan sebagai Kepala Sekolah ini akan mengemban amanat baru yang sebelum adalah guru Kimia di SMK Muhammadiyah pekalongan. Beliau sebelumnya pernah menjabat sebagai Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kota Pekalongan.

Dengan semangat baru, dengan kepala sekolah baru, manajement SMK Muhammadiyah akan dibawa dengan kemajuan yang terus menuju peningkatan mutu yang lebih baik. Sementara untuk wakil kepala sekolah masih dijabat oleh pejabat yang lama/sebelumnya.